A palota középtengelyében, a hegyoldalba vágott teraszon építették fel a palotakápolnát. A nagyméretű, egyhajós, teljesen boltozott épület a középkori szokástól eltérően nem keletelve épült, hanem szentélye - a terepadottságoknak megfelelően - északra nézett. A szentély keleti oldalához simult az emeletes sekrestye. Az emeletén lévő királyi oratóriumot egy csigalépcsőn át a sekrestyéből, illetve egy hídon és a felső kis udvaron keresztül az uralkodó lakosztályából lehetett megközelíteni. Az oratórium terét árkádívek kapcsolták a szentélyhez.

Mátyás király korában a hajóban újrarakták a régi téglapadlót, a szentélyben viszont mázas lapokból álló új burkolatot fektettek le. A hajó végébe faszerkezetű karzatot emeltek, az oldalfalra pedig címerdíszes reneszánsz gyámkövekre támaszkodó, ezüstsípokkal ékesített orgona került. Valószínűleg felállítottak egy keresztelőkutat. is. A három oltárt és a pasztofóriumot reneszánsz márványfaragványokkal ékesítették. A sekrestye s az oratórium boltozatot kapott. A kápolna előtti teraszt kiszélesítették, és egy nagy díszlépcsőt építettek hozzá.